Trinity教材电子版

2022-08-01 11:01:13   文档大全网     [ 字体: ] [ 阅读: ]

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Trinity:是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件由三个独立的软件模块组成:Inchworm ChrysalisButterfly三个软件依次来处理大规模的RNA-seqreads数据。

--seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa

--JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数--max_memory代替 组装过程中,jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制

如果是双端测序:--leftread1 --rightread2 多个样品的reads由逗号隔开不允许出现空格 但是老版本如r20131110 reads是由空格隔开具体看不同版本的trinity的帮助文档

如果是单端测序 参数为 --single 加上文件 多个样品的reads由逗号隔开不允许出现空格

--CPU 软件所用线程

--SS_lib_type RF 链特异性文库需要加上这个参数

--no_run_butterfly 不进行butterfly步骤Chrysalis这一步完成后中断

--no_run_quantifygraph 不进行quantifygraph这一步 --output trinity的输出文件夹 --no_version_check 汇报版本信息

:trinity支持分步骤运行但我认为必要性不大为分步运行的原因在于避免中途发生错误但是trinity会自动检测之前输如果中途发生报错进行修改之后再次投递会按照原输出继续跑不会对之前结果进行覆盖


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