SSR 和ISSR技术原理及主要技术特点

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SSR 和ISSR技术原理及主要技术特点(2009-07-01 07:42:31)

SSR简单序列重复（simple sequence repeat）

SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DNA滑动和错配或者有丝分裂、减数分裂姐妹染色单体不均等交换的结果。

原理：微卫星的突变率在不同物种、在同一物种的不同位点和同一位点的不同等位基因间存在很大差异。但尽管它们分布于基因组的位置不同，但其两端序列多是保守的单拷贝序列，因而可以根据这两端的序列设计一对特意引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。 技术特点：

（1） 一般检测到的是一个单一的多等位基因位点。

（2） 呈共显性遗传，成呈孟德尔式遗传。故可鉴定杂合子和纯合子。 （3） 需DNA少。 （4） 标记位点专化性。

（5） 标记数量丰富。覆盖整个基因组。而且均匀分布。 （6） 实验重复性好，结果可靠性高。

（7） SSR序列的两侧序列常较保守，在同种而不同遗传型间多相同。 （8） 多数SSR无功能作用，增加或减少几个重复序列的频率高，因而在品种间具广泛位点变异。

ISSR简单序列重复间（inter-simple sequence repeat）

原理：用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3’端或5’端加上2~4个随机核苷酸，在PCR中，锚定引物可以引起特意位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。所扩增的多个条带通过聚丙烯酰胺凝胶电泳或者琼脂糖凝胶电泳得以分辨，扩增带多为显性表现。 技术特点：

（1） 快速，高效，不需构建基因组文库。


（2） 扩增基因组DNA适用于任何富含SSR重复单元和SSR广泛分布的物种，可同时提供多位点信息和提示不同卫星座位个体间变异的信息。 （3） 遗传多态性高，重复性好。

（4） 标记为显性标记，符合孟德尔遗传规律。 （5） 无需知道任何耙序列的SSR背景信息。

（6） 少。

结合了RAPD标记技术和SSR标记技术的优点，耗资少，模板DNA用量

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