一个实用的群体遗传学分析软件包

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一个实用的群体遗传学分析软件包：GENEPOP3.1版

刘俊娥乔传令侯鑫

[1]中国科学院动物研究所 [2]中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放研究实验室

《生物多样性》 2000年第8卷第2期

摘要:

ＧＥＮＥＰＯＰ是一个非常实用的群体遗传学分析软件包，适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下３个方面的用途：１）进行正合检验，如对哈迪－温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验；２）估算经典的群体遗传学参数，如Ｆｓｔ和其它相关指数及基因频率等；３）可把ＧＥＮＥＰＯＰ的文件转换为常用的群体遗传学分析软件包（如ＢＩＳＹＳ、ＦＳＴＡＴ和ＬＩＮＫＤＯＳ）所要求的输入文件格式。与软件ＢＩＯ

群体遗传学是遗传多样性研究的重要理论 ,对利用同工酶技术和各种ＤＮＡ分析技术获得的大量群体遗传学数据的分析是群体遗传学研究的重要内容。ＧＥＮＥＰＯＰ 3.1版是由法国学者Ｒａｙｍｏｎｄ和Ｒｏｕｓｓｅｔ开发的ＧＥＮＥＰＯＰ 1.2版 (Ｒａｙｍｏｎｄ＆Ｒｏｕｓｓｅｔ,1

2.4. 数据分析

估计了每个种群的遗传多态性并用GENEPOP 3.1 (Raymond和Rousset，1995)和ARLEQUIN 2.000 (Schneider等，2000)软件计算，这种遗传多态性包括下列3个指标：每基因座的等位基因数目(A)、观察杂合度(HO)和预期杂合度 (HE)。Guo 和Thompson (1992)的概率测验用来测验每个种群内所有基因座对之间的基因连锁不平衡，并用来测试基因座对哈迪－温伯格平衡的适合度 (Raymond和

Rousset，1995)。西班牙鱥中检测到的种群特异性等位基因的分布遵照Gibbs等(1997)的方法分析。

由于不同样本的容量之间差异很大，用蒙特卡罗模拟法比较种群之间的每基因座等位基因数、观察杂合度和预期杂合度，用POPTOOLS v.2.1 (Hood，2000)软件从每个较大样本中重新取样1000次使所取样本的容量和最小种群（Degebe ：15个个体)的样本容量相当。

GENEPOP软件也用来计算所有样本对的所有基因座之间同质性测验 (Raymond和Rousset，1995) 中p-值的无偏估计量。用FSTAT (Goudet，2000)软件估计Wright氏 F 统计的Weir 和Cockerham (1984) 相似序列、每基因座的近交系数(f)和基因分化系数（FST）(y)及其显著性。种间遗传分化程度也用计算配对基因分化系数的方法进行定性，并用ARLEQUIN软件(Raymond和Rousset, 1995)来执行样本之间分化的球状测试。

种间基因多样性空间变异的显著性用在分子变异模型(AMOVA)上操作的种间遗传多样性层次分析来估计，如同Michalakis和Excoffier (1996)描述的，并且在 ARLEQUIN软件中也有效。

用MANTEL 2.0 (Liedloff, 1999)程序来测验所有种群对的地理距离和基因分化系数值之间关系的显著性。最后，把所有种群根据主要线粒体DNA链（以前称之为进化显著性单元）划分成3个群并用带有优先性设计的ARLEQUIN软件构建分子变异模型 (Michalakis和Excoffier, 1996)。

Genepop,Phylip,fstat,bottleneck等群体遗传学分析软件的使用

农业网络信息2005年第7期

http://wenku.baidu.com/view/e7a0f811cc7931b765ce15df.html#

随着分子生物学的不断发展,遗传学的分子水平也得到了长足的发展, 随之而来的是需要处理大量的分子数据, 传统的人工算法已不能满足目前群体遗传学分析的要求, 与此同时,大量群体遗传学分析软件和软件包,不仅满足了传统群体遗传分析的要求,还可以方便快捷地处理大量的分子数据。

〖下载＆教程〗Genepop v3.4(群体遗传学必备工具软件) Genepop, 群体遗传学, 教程, 软件, 工具

〖下载＆教程〗Genepop v3.4(群体遗传学必备工具软件)

GENEPOP is a population genetics software package originally developed by Michel Raymond (

Raymond@isem.univ-montp2.fr ) and Francois Rousset ( Rousset@isem.univ-montp2.fr

), at the Laboratiore de Genetique et Environment, Montpellier, France. The original program runs under the DOS operating system and can be obtained via ftp from isem.isem.univ-montp2.fr in the directory pub/pc/genepop. The DOS version is updated periodically (more often than this site) and contains a few options not available on the web site. If you get no response from either the ftp site or the web site, you can download a zip archive of Genepop v3.4 (which may not be the latest version) from

http://genepop.curtin.edu.au/.

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